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_() (PourPy.System method), [1] (PourPy.system.System method), [1] __author__ (in module PourPy) __copyright__ (in module PourPy) __credits__ (in module PourPy) __license__ (in module PourPy) __str__() (PourPy.Database method) (PourPy.database.Database method) (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.System method) (PourPy.system.Reactant method) (PourPy.system.Reaction method) (PourPy.system.System method) _average_values() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) _balanced_atoms() (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.system.Reaction method) _balanced_charge() (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.system.Reaction method) _compute_boundary_lines() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram static method) (PourPy.PourbaixDiagram static method) _compute_intersections() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) _construct_stability_regions() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) _get_atoms() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.system.Reactant method) _get_bokeh_plot() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) _get_charge() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.system.Reactant method) _get_echem_reaction() (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.system.Reaction method) _get_elements() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method) _get_formula() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.system.Reactant method)

_get_Hlimit() (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.system.Reaction method) _get_matplotlib_plot() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) _get_molecular_weight() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.system.Reactant method) _get_pH_reaction() (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.system.Reaction method) _get_pourbaixLine() (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.system.Reaction method) _get_reactant_string() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.system.Reactant method) _get_reaction_string() (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.system.Reaction method) _get_reactions() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method) _get_state() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.system.Reactant method) _get_sub_string() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.system.Reactant method) _get_super_string() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.system.Reactant method) _get_unique_constitutents() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) _polar_angle() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) _sanity_check() (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.system.Reaction method) _set_aqueous_activity() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method)

A

activity (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.system.Defaults attribute) add_elements() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method) add_reactions() (PourPy.Database method) (PourPy.database.Database method) (PourPy.System method) (PourPy.system.System method)

aqueous (PourPy.common.State attribute) (PourPy.parser.State attribute) (PourPy.reactant.State attribute) (PourPy.State attribute), [1] (PourPy.system.State attribute) associate_reactions_to_database() (PourPy.Database method) (PourPy.database.Database method)

C

check_pH() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) Constants (class in PourPy), [1] (class in PourPy.common) (class in PourPy.reaction) (class in PourPy.system)

construct_reactions_from_reactants() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method)

D

Database (class in PourPy) (class in PourPy.database) DefaultParser (class in PourPy), [1] (class in PourPy.database) (class in PourPy.parser) (class in PourPy.pourbaix) Defaults (class in PourPy), [1], [2] (class in PourPy.common) (class in PourPy.pourbaix) (class in PourPy.reaction) (class in PourPy.system)

deltaE (PourPy.System property) (PourPy.system.System property) dGr (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property) dHr (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property) dSr (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property)

E

E0 (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property) electrode_potentials (PourPy.System property) (PourPy.system.System property) electron (PourPy.common.State attribute) (PourPy.parser.State attribute) (PourPy.reactant.State attribute) (PourPy.State attribute), [1] (PourPy.system.State attribute)

element_list (in module PourPy) (in module PourPy.database) (in module PourPy.system) elements (in module PourPy.database) Emax (PourPy.System property) (PourPy.system.System property) Emin (PourPy.System property) (PourPy.system.System property)

F

FARADAY (PourPy.common.Constants attribute) (PourPy.Constants attribute), [1] (PourPy.reaction.Constants attribute) (PourPy.system.Constants attribute)

from_default() (PourPy.Database class method) (PourPy.database.Database class method) from_file() (PourPy.Database class method) (PourPy.database.Database class method)

G

GAS (PourPy.common.Constants attribute) (PourPy.Constants attribute), [1] (PourPy.reaction.Constants attribute) (PourPy.system.Constants attribute) gaseous (PourPy.common.State attribute) (PourPy.parser.State attribute) (PourPy.reactant.State attribute) (PourPy.State attribute), [1] (PourPy.system.State attribute)

get_stable_phase_at() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) get_stable_phases() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method)

I

initialize() (PourPy.parser.Reactant method) (PourPy.Reactant method), [1], [2] (PourPy.reactant.Reactant method) (PourPy.Reaction method), [1] (PourPy.reaction.Reactant method) (PourPy.reaction.Reaction method) (PourPy.System method) (PourPy.system.Reactant method) (PourPy.system.Reaction method) (PourPy.system.System method)

K

K (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property)

L

liquid (PourPy.common.State attribute) (PourPy.parser.State attribute) (PourPy.reactant.State attribute) (PourPy.State attribute), [1] (PourPy.system.State attribute)

M

maximum_electrode_potential (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.system.Defaults attribute) maximum_pH_value (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.system.Defaults attribute) minimum_electrode_potenital (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.system.Defaults attribute)

minimum_pH_value (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.system.Defaults attribute) module PourPy PourPy.common PourPy.database PourPy.parser PourPy.pourbaix PourPy.reactant PourPy.reaction PourPy.system

N

nElectrons (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property)

nProtons (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property)

P

parse_elements() (PourPy.database.DefaultParser static method) (PourPy.DefaultParser static method), [1] (PourPy.parser.DefaultParser static method) (PourPy.parser.Parser method) (PourPy.pourbaix.DefaultParser static method) parse_reaction() (PourPy.database.DefaultParser static method) (PourPy.DefaultParser static method), [1] (PourPy.parser.DefaultParser static method) (PourPy.pourbaix.DefaultParser static method) parse_reactions() (PourPy.database.DefaultParser static method) (PourPy.DefaultParser static method), [1] (PourPy.parser.DefaultParser static method) (PourPy.parser.Parser method) (PourPy.pourbaix.DefaultParser static method) parse_specie() (PourPy.database.DefaultParser static method) (PourPy.DefaultParser static method), [1] (PourPy.parser.DefaultParser static method) (PourPy.pourbaix.DefaultParser static method) parse_species() (PourPy.database.DefaultParser static method) (PourPy.DefaultParser static method), [1] (PourPy.parser.DefaultParser static method) (PourPy.parser.Parser method) (PourPy.pourbaix.DefaultParser static method) Parser (class in PourPy.parser) pHmax (PourPy.System property) (PourPy.system.System property) pHmin (PourPy.System property) (PourPy.system.System property)

pHs (PourPy.System property) (PourPy.system.System property) PourbaixDiagram (class in PourPy) (class in PourPy.pourbaix) PourPy module PourPy.common module PourPy.database module PourPy.parser module PourPy.pourbaix module PourPy.reactant module PourPy.reaction module PourPy.system module pressure (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.System property) (PourPy.system.Defaults attribute) (PourPy.system.System property)

Q

Q (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property)

QpH (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property)

R

Reactant (class in PourPy), [1], [2] (class in PourPy.parser) (class in PourPy.reactant) (class in PourPy.reaction) (class in PourPy.system) Reaction (class in PourPy), [1] (class in PourPy.reaction) (class in PourPy.system) read_parameters_from_file() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method) read_reactions_from_file() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method) reference_abbreviation (PourPy.System property) (PourPy.system.System property) reference_electrode (PourPy.System property) (PourPy.system.System property) reference_electrode_abbreviation (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.system.Defaults attribute)

reference_electrodes (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.system.Defaults attribute) reference_potential_difference (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.system.Defaults attribute) rQ (PourPy.Reaction property), [1] (PourPy.reaction.Reaction property) (PourPy.system.Reaction property)

S

set_aqueous_activity() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method) set_database() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method) show() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) solid (PourPy.common.State attribute) (PourPy.parser.State attribute) (PourPy.reactant.State attribute) (PourPy.State attribute), [1] (PourPy.system.State attribute) solve() (PourPy.pourbaix.PourbaixDiagram method) (PourPy.PourbaixDiagram method) STANDARD_PRESSURE (PourPy.common.Constants attribute) (PourPy.Constants attribute), [1] (PourPy.reaction.Constants attribute) (PourPy.system.Constants attribute)

STANDARD_TEMPERATURE (PourPy.common.Constants attribute) (PourPy.Constants attribute), [1] (PourPy.reaction.Constants attribute) (PourPy.system.Constants attribute) State (class in PourPy), [1] (class in PourPy.common) (class in PourPy.parser) (class in PourPy.reactant) (class in PourPy.system) System (class in PourPy) (class in PourPy.system)

T

temperature (PourPy.common.Defaults attribute) (PourPy.Defaults attribute), [1], [2] (PourPy.pourbaix.Defaults attribute) (PourPy.reaction.Defaults attribute) (PourPy.System property) (PourPy.system.Defaults attribute) (PourPy.system.System property)

W

write_parameters_to_file() (PourPy.System method) (PourPy.system.System method)